Ecosistemas representativos.

Estudios realizados a nivel de comunidades,poblaciones y especies,indican que se trata de una zona de gran importancia biológica y ecológica. 

La selva baja caducifolia es uno de los ecosistemas con mayor número de géneros y especies endémicas de México.Si se le comparacon la selva alta perennifolia del sureste de México,resulta evidente que es menos rica en especies en general, pero mucho más diversa en especies endémicas en particular. Esto resalta la importancia de una adecuada conservación de este ecosistema.

Los tipos de vegetación son variados: en la sección cercana al mar, de aproximadamente 800 ha, se presentan numerosos tipos de vegetación, que incluyen a manglar, manzanillera, vegetación riparia, carrizal y vegetación acuática, vegetación de dunas costeras y pastizales. En la sección de selva baja, de cerca de 12400 ha, domina la selva baja caducifolia, aunque existen otros tipos de vegetación más localizados, como es la selva mediana subperennifolia, principalmente.

Cuachalalate

Selva baja caducifolia: Es el tipo de vegetación más abundante en la región. Su distribución se limita a algunos cerros y lomas con suelos arenosos, someros y con poca capacidad de retención de humedad.

Se caracteriza por la alta densidad de plantas en el sotobosque y dosel, y porque la mayoría (95%) de las plantas pierde las hojas durante la época de secas. La altura promedio de los árboles es 15 metros y la producción de hojas está determinada por la disponibilidad de agua, y se concentra en junio y julio,al principio de la época de lluvias.

Manglar: En Cuixmala, esta comunidad sólo se encuentra en extensiones considerables en

la laguna Manzanillera y algunas venas. Las especies dominantes son dos de mangle (Laguncularia racemosa y Rhizophora mangle). Estos árboles forman densos bosques, y su altura alcanza los 10m. Otras especies conspicuas son el ciruelillo (Phyllanthuselsiae) y laanona (Anonaglabra).

Rhizophora mangle

Tabebuia donell-smith

Selva mediana subperennifolia:   Se distribuye en manchones,a lo largo del área de distribución de la selva baja caducifolia,generalmente en zonas con mayor disponibilidad de agua. Se trata de una de las comunidades de distribución más restringida,ya que sólo ocurre en pequeñas áreas de la sección de selva mediana y humedales,especialmente en cañadas. 

La selva mediana se caracterizaporla presenciade dos estratos arbóreos y porque sólo del 50 al 75% de las especies del dosel pierden las hojas durante la época de secas. Las especies más conspicuas de esta vegetación son el cedromacho (Sciadodendrom excelsum), ramón (Brosimum alicastrum),palma de coquito (Orbignyacohune) y primavera (Tabebuia donell-smith).

Hippomane mancinella

Manzanillera:   La manzanillera es una selva dominada por la manzanilla (Hippomane mancinella), un árbol que mide de 15 a 17 m. Hace algunas décadas era bastante abundante en las costas de Jalisco y Colima.En el interior de la manzanillera se presenta un estrato medio de hasta 12 m de altura,cuyo componente principal es el árbol cola de choncho (Cupanía dentata).Esta comunidad se desarrolla en áreas inundables,que tienen el nivel de aguas freáticas a poca profundidad,característica que determina su permanencia.